重點實驗室以中藥質量與創新藥物研究為學術發展方向, 重點研究領域包括:
研究貴重中藥材、常用有毒中藥材、嶺南特色中藥材、動物類中藥材的質量控制技術, 逐步建立技術標準。將重點採用多種LC-MS技術，結合NMR技術，建立易混淆中藥材的快速辨識及鑒別方法; 建立基因條碼技術鑒別藥材真偽; 應用多元分析技術,建立中藥多維化學成份綜合質量分析技術體系; 建立重金屬及農藥殘留等有害污染物的質譜檢測方法及限量標準。
研究中成藥與中藥複方製劑的質量控制技術及其質量標準。重點建立現行市場流通的含有毒藥材中成藥的毒性成份檢測技術, 及臨床安全用藥毒性成份含量技術標準; 建立"藥效測試-藥代分析-質譜計量"三結合的中成藥質量評價方法,為創新中成藥研發提供創新技術支援; 建立中藥複方製劑質量穩定性評價的"色譜-質譜-核磁共振光譜指紋圖譜-藥效指紋圖譜"綜合分析方法。
中成藥注射劑質量及安全性評價方法的建立。中藥注射劑由於其劑型的特殊優勢，已成為中藥在重大疾病治療中的優勢品種，是中藥製劑中科技水準最高的一種劑型。中藥注射劑不良反應發生的主要原因在於其成分的複雜性和給藥方式的特殊性。將從化學分析的層面對影響中藥注射劑安全性的化學因素進行系統而深入的研究，包括：對中藥注射劑成份的全面的化學研究；對中藥注射劑生產過程中產生的人工產物的系統研究；建立分析注射劑中微量大分子成份的分析方法；建立小分子化合物、人工產物與微量大分子成份與注射劑不良反應的相關性；設立針對潛在不良反應成份的標準檢測方法，用於制定相關的質量標準。
優質創新藥物研發。重點以癌症、炎症及代謝性疾病為重點研發創新中藥;以控釋、緩釋、靶向和納米製劑等劑型為重點研發單體中藥或組分中藥新藥;以疾病相關蛋白和代謝途徑網絡為靶標, 篩選中藥活性先導化合物, 發現新作用機制或新靶標藥物; 應用蛋白質組學、代謝組學和糖肽組學技術篩選創新藥物; 建立中藥及其相關產品藥代動力學與代謝產物譜圖分析技術; 建立藥效成份清楚、質量可控、作用靶點明確的創新中藥研發技術鏈。
建立中藥質量控制研究和臨床安全用藥的核心服務技術。重點建立質譜和核磁共振光譜聯用最新分析技術,為鑒定中藥新化合物及藥物作用新靶點或毒性靶點、及藥物代謝研究提供技術服務;建立中藥有毒化學成份資訊庫及其相關檢測技術,為疑似中藥中毒病例提供快速技術鑒定服務; 建立中西藥合用的藥效及毒性變化信息庫和相關檢測技術,為中西藥物臨床配伍用藥提供科學數據; 建立市場流通的含有毒藥材中成藥的毒性成份檢測技術,建立臨床安全用藥技術檢定標準。國家重點實驗室建設的原則將以國家目標為首要任務, 嚴格按照國家科技部對國家重點實驗室建設的基本要求和澳門特區政府的相關要求開展工作,力爭成為具有代表國家中藥質量研究水平的研究基地,即成為組織高水準中藥質量控制應用基礎研究、聚集和培育優秀的中藥學研究多學科結合科技人才、開展高層次國際中醫藥合作的重要基地, 能夠集成多學科結合的最新知識與技術,進行具國際先進水準的中藥質量控制技術與創新藥物研究,及能夠針對中藥學學科發展前沿和中藥產業發展的關鍵性科技問題，開展技術創新,獲取原始創新成果和自主知識產權。
